این سازمان همچنین برای دستیابی به اهداف تعیین شده، اصولی را تدوین کرده‌است که کشورهای عضو می‌بایست به این اصول پایبند باشند و درصورت پایبند نبودن، مجازات‌هایی علیه این کشورها اعمال می‌شود. مهم‌ترین این اصول عبارت‌اند از:

اصل عدم تبعیض و اصل دولت کاملة الوداد (به معنی (MOST FAVORED NATION (MFN) CLAUSE): طبق این اصل، اگر کشوری امتیاز بازرگانی یا تعرفه‌ای را در مورد یکی از کشورهای عضو اعمال نماید، این امتیاز یا تعرفه می‌بایست در مورد تمام شرکای تجاری عضو سازمان تجارت جهانی تعمیم یابد. البته این اصل یک استثنا نیز دارد که به همگرایی‌های اقتصادی مانند اتحادیه‌های گمرکی بین چند کشور مربوط می‌شود. این استثنا بدین معناست که سازمان تجارت جهانی، سایر پیمان‌های تجاری (مانند اتحادیه اروپا یا نفتا) را نیز به رسمیت می‌شناسد.
استفاده از محدودیت‌های غیرتعرفه‌ای در تجارت همچون سهمیه‌بندی و صدور پروانه واردات ممنوع است و کشورها تنها با استفاده از وضع تعرفه‌های گمرکی مجازند از صنایع داخلی حمایت نمایند.
پس از حذف موانع تجاری غیرتعرفه‌ای، کشورها می‌بایست تعرفه‌های گمرکی خود را تثبیت نمایند و به‌تدریج آن را کاهش دهند. البته این اصل نیز در مورد محصولات کشاورزی در کشورهایی که با مشکلات در پرداخت‌ها مواجه هستند، استثنا قایل شده‌است.
برای کمک به رقابت محصولات تولیدی در کشورهای در حال توسعه، برقراری نظام تعرفه‌های ترجیحی با هدف اعطای امتیازات تجاری به بعضی از فراورده‌های این کشورها مجاز است.
کشورها مجاز به انجام هرگونه اقدامی که جنبه فروش زیرقیمت تمام شده (DUMPING) داشته باشد، نیستند.
لازم است کشورها در مورد کالاهای داخلی و وارداتی رفتار کاملاً یکسانی داشته باشند.
انجام مشورت در مورد سیاست‌های بازرگانی با دیگر اعضا و حل وفصل اختلافات ناشی از روابط تجاری از طریق مذاکره.