بخش‌ های مختلف مجموعه بقعه شیخ صفی الدینبخش‌ های مختلف بقعه شیخ صفی الدین عبارت‌ اند از:
۱. حرم و دارالحفاظ۲. مقبره شاهزادگان در جانب شرقی دارالحفاظ۳. ایوان بزرگ رو به قبله دارالحدیث که از آثار دوران شاه اسماعیل اول بوده و در دو جانب غربی و شرقی آن مقبره‌ های مسقفی از اولاد و مشایخ صوفیه قرار داشته ‌است.۴. چله خانه‌ های قدیم و جدید و محل جلوس شیخ صفی الدین بوده ‌است.۵. مقبره مادر شاه طهماسب۶. مقصوره‌ ای در برابر ایوان دارالحدیث۷. محوطه شهیدگاه در شمال گنبد دارالحدیث۸. محل جلوس شیخ صدرالدین موسی۹. حجره‌ ها که از چهل عدد بیشتر بوده۱۰. صفه مزار های برخی از امیران و سران خاندان صفوی۱۱. نانوا خانه یا آشپزخانه۱۲. آشپزخانه و دیگ خانه و حجره‌ های متعلق به آن و ایاغ خانه۱۳. حجره رو به مزار شیخ صفی الدین که آرامگاه مشایخ صوفیه بوده ‌است.۱۴. شربت خانه در کنار چشمه آبی مشتمل بر حوض و محل پختن حلوا ها و شیرنی‌ ها۱۵. خونچه خانه و انبار با حجره‌ های فوقانی و تحتانی۱۶. دفترخانه شامل دهلیز و خانه و محوطه ‌ای میان شربت خانه و خونچه خانه۱۷. نقاره خانه که زیر سقف آن سقا خانه بوده و در پشت آن حمام و برخی خانه‌ های متعلقه قرار دارد.۱۸. هیمه خانه و زمینی در اطراف آن۱۹. فضای بیرون در آستانه که در مقابل آن کوچه و دکان ها قرار داشت.
مسجد جنت سرادر سمت چپ سرسرای ورودی، مسجد جنت سرا قرار گرفته. جنت سرا به صورت فضای هشت ضلعی طراحی شده و فاقد محراب است. چنین به نظر می ‌رسد که فضای جنت سرا بیشتر برای انجام مراسم صوفیانه و گرفتن مجالس سماع عارفانه بوده و سنگ میدان یا میدان داشی آن هنوز در مجموعه بقعه شیخ صفی الدین موجود است. مسجد جنت سرا در گذشته دور دارای سقف گنبدی بوده که پس از فرو ریختن در دوره قاجاریه، سقفی چوبی و مسطح روی آن ایجاد شد که بر ۱۶ ستون چوبی استوار شده ‌است. مسجد جنت سرا از نمای بیرونی مشرف به صحن داخلی سرسرای عظیمی است که در مقابل آن پنجره مشبک گره چینی نصب شده و در جناحین آن دو نیم قوس در ورودی اتاق متولی قرار گرفته‌است.
قندیل خانهاین بخش در حقیقت قسمت اصلی بناست و دقیقا رو به روی سرسرای ورودی در دو طبقه قرار گرفته ‌است. پنج پنجره چوبی در طبقه فوقانی و پنج پنجره در زیر آن نمای بسیار زیبایی را قندیل خانه بخشیده ‌است.
چینی خانهچینی خانه در قسمت شرقی قندیل خانه یا رواق اصلی قرار گرفته که با دو ورودی باریک با دارالحفاظ ارتباط می‌ یابد. ساختمان چینی خانه دارای جهار شاه نشین و دارای تاق نما های فوق العاده زیبا و نفیس از نوع مقرنس گچی است که روی آن نقاشی و طلاکاری شده‌ است. هماهنگی و توازن رنگ ها با سطوح مقرنس از اسلیم ها و گل های مختلف منظره ‌ای شگفت انگیز را ایجاد کرده ‌است. این مکان در دوره صفویه محل نگهداری ظروف زرینه، سیمینه و ظروف سفارشی شاه عباس اول از کشور چین بوده ‌است.
سردر اصلی و کاشی کاری بقعه شیخ صفی الدین تا سال ۱۳۲۱ خورشیدی در ضلع شمالی میدان فعلی عالی قاپو قرار داشته که در آن سال بقایای سردر به دستور اداره کل باستان شناسی برداشته شد و کاشی های معرق آن فعلا در انبار بقعه نگهداری می‌ شوند. سردر مذکور در زمان شاه عباس دوم برای بقعه ساخته شد و زیر نظر اسماعیل نقاش اردبیلی در سال ۱۰۵۷ به اتمام رسید. در حال حاضر هیچگونه آثاری از این سردر مشهود نیست. امروزه از ضلع شرقی میدان عالی قاپو با گذشتن از در چوبی بزرگ وارد حیاط مشجر مستطیل شکل بقعه به ابعاد ۹۲*۵۲/۶ متر می‌ شویم. دور تا دور این حیاط با دیوار های آجری که از روی ازاره سنگی و به صورت تاق نما ساخته شده محصور گشته ‌است. ضلع شرقی حیاط مذکور با دری به ابعاد ۱۴۵۰*۵۷۰ سانتی متر غیر مسقف باز می ‌شود. این راهرو بینابین حیاط بزرگ مشجر و صحن اصلی قرار دارد. راهروی مذکور با دری در ضلع شمالی به محوطه شهیدگاه و در ضلع جنوبی به محوطه ‌ای معروف به چله خانه یا قربانگاه مرتبط می ‌شود که در سال های اخیر در مشرف به شهیدگاه مسدود شده‌ است. دیوار های جانبی این راهرو دارای تاق نمای کاشی کاری بوده که به مرور زمان ریخته و اکنون قسمتی از آن بازسازی شده است. راهرو مذکور با گذشتن از محوطه کوچک درگاه سنگی به صحن اصلی متصل می‌ شود. صحن اصلی حیاطی است مستطیل شکل به ابعاد ۴۰/۳۰*۱۰/۱۶ متر مفروش با تخته سنگ های صاف که حوضی در وسط آن قرار دارد. در گذشته در وسط این حوض چاه آبی بوده ‌است که با استفاده از سطل و طناب برای وضو گرفتن از آن استفاده می‌ شده‌ است. این چاه در حال حاضر مسدود شده‌ است.