بودجه ریزی به عنوان یکی از چالش های فعلی نظام اقتصاد ایران تاریخچه ای ۱۰۰ ساله دارد
تاریخ حکایت از آن دارد که طی دوران مختلف دولت ها تا حدود زیادی تکیه بر کارشناسان بین المللی را مبنای تحولات ساختاری در بودجه قرار داده اند به گونه ای که طی چند سال اخیر نیز دستورات صندوق بین المللی پول تاثیرات بسیاری در ساختار و نظام بودجه ریزی کشور داشته است.
مورگان شوستر آمریکایی اولین کارشناسی بود که به صورت رسمی و با هدف سامان بخشیدن به وضعیت مالی دولت ایران در سال ۱۲۹۰ شمسی به ایران آمد.
اما به دلیل تشدید بحرانهای سیاسی و اولتیماتوم دولت روسیه پس از ۸ ماه مجبور به ترک کشور شد. پس از گذشت یک دهه یعنی در سال ۱۳۰۱ دکتر میلیسپو که او هم اهل آمریکا بود با ماموریتی مشابه شوستر به ایران سفر کرد.
وی که در راس هیاتی به ایران آمد، به دنبال یک دوره اقدامات اجرایی بود و قرارداد خدمت و حدود اختیارات وی در سال ۱۳۰۴ به مدت دو سال دیگر تمدید شد.کارشناسان در حوزه بودجه ریزی ورود میلیسپو به ایران را پایان فصل بودجه ریزی سنتی در کشور می دانند، چرا که بدین ترتیب درآمدهای دولت از درآمدهای کشاورزی و روستایی جدا شد و در حقیقت ساختار بودجه به هم ریخت.
اما سال های ۱۳۰۴ تا ۱۳۲۰ دوران شکل گیری نظام تازه ای برای بودجه ریزی ایران به شمار می رود. در این دوران نقش درآمدهای نفتی در بودجه عمومی دولت جدی نبود و بیشتر صرف هزینه های نظامی می شد.نظام بودجه نویسی در سال های ۱۳۱۸ و ۱۳۱۹ به تکامل رسید و اطلاعات بودجه ای دولت در هفتاد ستون عرضه شد.
از سال ۱۳۳۲ فصل نوینی در نظام بودجه ریزی آغاز شد. از آن سال کشور با وام ها و کمک های بلاعوض آمریکا و انگلیس مواجه شد و درآمدهای نفتی نیز نقش مهمی در بودجه پیدا کرد.با افزایش درآمدهای نفتی و شروع برنامه های عمرانی، بودجه اهمیت مضاعفی یافت و در سال ۱۳۴۵ پیشنهاد لایحه بودجه از وظایف وزارت دارایی خارج شد و در حوزه مسؤولیت نخست وزیر درآمد و بدین ترتیب دفتر بودجه در سازمان برنامه تشکیل شد.
از سال ۱۳۵۲ تهیه و تنظیم بودجه کل کشور جزو وظایف سازمان برنامه و بودجه و کلیه امور مالی و خزانه داری در وزارت دارایی متمرکز شد.
همانطور که گفته شد تحولات نظام بودجه ریزی طی ۱۰۰ سال گذشته همچنان ادامه داشته و به سمت اصلاح این نظام پیش رفته است؛ تا جایی که در تبصره ۴۸ قانون بودجه سال ۸۰ نیز دولت ملزم به اطلاح ساختار بودجه شد و سازمان مدیریت و برنامه ریزی نیز نحوه طبقه بندی اقلام بودجه ای کشور را در لایحه بودجه سال ۸۱ بر مبنای نظام طبقه بندی آمارهای مالی دولت Gfs تغییر داد.
در این نظام بودجه به دو بخش کلی دریافت ها و پرداخت ها تقسیم می شود که دریافت ها شامل درآمدهای عمومی است و از این میان درآمدهای نفتی جزو واگذاری دارایی های سرمایه ای قرار می گیرد. از سوی دیگر در برابر درآمدهای عمومی اعتبارات هزینه ای یا هزینه جاری قرار دارد که این دو تراز عملیاتی بودجه را تشکیل می دهد. در مقابل تراز سرمایه ای برابر واگذاری دارایی های سرمایه ای است که از تملک دارایی های سرمایه ای کم می شود. نکته حایز اهمیت در این تعریف این است که در این نظام کسری بودجه تفاوت بین تراز عملیاتی و تراز سرمایه ای بودجه است که معمولاً از طریق تراز مالی جبران خواهد شد.