امام خمینی(ره) با وجود تصریح به عقلانی بودن مسأله سلطنت انسان بر نفس خود اما معتقد است که مالکیت انسان بر نفسش معتبر شناخته نشده است، گفت: منظور امام این است که مالکیت اینجا به معنای اینکه کاری کرده باشد و برخوردار باشد ولذا می تواند نقل و انتقال بدهد و به ازای آن پول بگیرد، نیست. یعنی اگر من مالک کلیه، چشم و دست و... خودم به معنای مالک خودکار و دفتر و ... باشم، می گفتم مثلا می شود اعضای بدنم را بفروشم، که این اصلا اینگونه نیست و نمی تواند بفروشد البته می تواند تصرف کند. اما در مورد پیوند اعضا و یا اهدای اعضای بدن حق جوازش را خود تسلط حل می کند اما اگر بخواهد معامله و مبادله کند باید مالکیت باشد یعنی طبق مبنای تسلط، اهدا مشکلی ندارد اما خرید و فروش مشکل پیدا می کند که البته همین مسئله نیز قابل بحث و گفتگوست.
وی درباره نسبت حق و تکلیف درباره انسان و اعضای بدنش گفت: در اسلام «حق‌تکلیف» مطرح است یعنی نمی توانیم بگوییم که انسان فقط حق دارد و یا فقط تکلیف دارد و انسان موجود حق دار مکلف است یا مکلف صاحب حق است. اصل اولی تسلط انسان بر شئون خودش است که می شود «حق»؛ اما آنچه که شارع تحدید کرده است، می شود «تکلیف». نسبت انسان با اعضای بدنش هم حق است و هم حکم. حق به این معنی که می تواند با دستش بنویسد و یا پاهایش را بلند کند و... اما نمی تواند مثلا دستش را قطع کند.
حق النفس یا حق بدن، حقی است که نفس و جان انسان بر وی دارد و رعایت آن ضروری است. در این باره امام سجاد (ع) در رساله حقوق فرموده است: "حَقُّ نَفْسِکَ عَلَیْکَ أَنْ تَسْتَعْمِلَهَا بِطَاعَةِ اللَّهِ عَزَّ وَ جَل‌"؛ حق نفس تو این است که او را در راه اطاعت خداوند به کار گیری. مقصود از "حق نفس" در روایت امام سجاد (ع)، جنبه جسمانی انسان مورد نظر نیست، بلکه معنایش این است که انسان از سرمایه وجودی خویش در راه اطاعت و رضایت خداوند استفاده نماید.
اما جدای از روایت امام سجاد(ع) ممکن است مقصود از حق نفس، رعایت امور مربوط به جسم و روح باشد؛ بدین معنا که همان گونه که اهتمام به حقوق خداوند(حق الله) و مردم(حق الناس) ضروری است، اموری که به سلامت جسمی و روحی انسان کمک می نماید، نیز باید مورد توجه قرار گیرد تا در مسیر بندگی خداوند موفق بود، و ادای حق نفس (به این معنا) با حفاظت از نفس و پیشگیری از اموری که به سلامت او ضرر می رساند، تحقق می یابد.