سعدی در خانقاهی که اکنون آرامگاه اوست و در گذشته محل زندگی او بود، به خاک سپرده شد که در ۴ کیلومتری شمال شرقی شیراز، در دامنه کوه فهندژ، در انتهای خیابان بوستان و در کنار باغ دلگشا است. این مکان در ابتدا خانقاه شیخ بوده که وی اواخر عمرش را در آنجا می‌گذرانده و سپس در همان‌جا دفن شده‌است. برای اولین بار در قرن هفتم توسط خواجه شمس الدین محمد صاحب‌دیوانی وزیر معروف آباقاخان، مقبره‌ای بر فراز قبر سعدی ساخته شد. در سال ۹۹۸ به حکم یعقوب ذوالقدر، حکمران فارس، خانقاه شیخ ویران گردید و اثری از آن باقی نماند. تا این که در سال ۱۱۸۷ ه. ق. به دستور کریمخان زند، عمارتی ملوکانه از گچ و آجر بر فراز مزار شیخ بنا شد که شامل ۲ طبقه بود. طبقه پایین دارای راهرویی بود که پلکان طبقه دوم از آنجا شروع می‌شد. در دو طرف راهرو دو اتاق کرسی دار ساخته شده بود. در اتاقی که سمت شرق راهرو بود، مزار سعدی قرار داشت و معجری چوبی آن را احاطه کره بود. قسمت غربی راهرو نیز موازی قسمت شرقی، شامل دو اتاق می‌شد، که بعدها شوریده (فصیح الملک) شاعر نابینای شیرازی در اتاق غربی این قسمت دفن شد. طبقه بالای ساختمان نیز مانند طبقه زیرین بود، با این تفاوت که بر روی اتاق شرقی که قبر سعدی در آنجا بود، به احترام شیخ اتاقی ساخته نشده بود و سقف آن به اندازه دو طبقه ارتفاع داشت. بنای فعلی آرامگاه سعدی از طرف انجمن آثار ملی در سال ۱۳۳۱ ه-ش با تلفیقی از معماری قدیم و جدید ایرانی در میان عمارتی هشت ضلعی با سقفی بلند و کاشیکاری ساخته شد. روبه‌روی این هشتی، ایوان زیبایی است که دری به آرامگاه دارد.[۵۰]

سکه‌های پانصد ریالی برنزی ایران از سال ۱۳۸۷ خورشیدی به نقش آرامگاه سعدی مزین شده‌است. همچنین طرح پشت اسکناس ده هزار تومانی(یکصد هزار ریالی) نمایی از مقبره سعدی در شیراز می‌باشد.

در تاریخ آل یاسر آمده‌است که سعدی با حکیم نزاری قهستانی مرواداتی داشته‌است وسعدی برای دیدن نزاری به بیرجند آمده‌است

باسلام متشکرم